La Dirección de Planeación del Instituto Nacional de Pediatría tiene como finalidad alinear todos los procesos de la institución, no solamente los relacionados con la atención médica sino todos los referidos a la operación.

El reto más importante que tiene el Instituto para los siguientes 5 años es lograr que los modelos de atención pediátrica se extiendan como estándares nacionales en los 36 hospitales pediátricos y los 400 generales del país, que atienden a población sin seguridad social. Además, incrementar y mejorar la formación de recursos humanos para la salud en el área pediátrica, así como incrementar la investigación, documentarla y de esta manera multiplicar y potenciar el trabajo que se hace en el Instituto.
La Dirección esta encargada de apoyar la planeación estratégica tanto de Administración como de Investigación, Asistencia y Enseñanza. En ese sentido , se consideró necesario un cambio de paradigmas porque las acciones se trabajaban en forma vertical y cada área lo hacía por su cuenta, pero en la actualidad se ha instituido un sistema de trabajo horizontal, que es homogéneo para las labores sustantivas de todas las áreas.